Eesti Mereakadeemia struktuur

1.1 merehariduskeskus (inglise keeles Centre of Maritime Education and Training);
1.2 taristukeskus (inglise keeles Infrastructure Centre);
1.3 õppekeskus (inglise keeles Centre of Academic Affairs);
1.4 uurimisrühmad:
1.4.1 merenduse küberjulgeoleku keskus (inglise keeles Centre for Maritime Cybersecurity);
1.4.2 mereveonduse uurimisrühm (inglise keeles Maritime Transport Research Group);
1.4.3 rohelise meretehnoloogia uurimisrühm (inglise keeles Green Maritime Technology Research Group);
1.4.4 sinimajanduse ja veeressurside uurimisrühm (inglise keeles Blue Economy and Aquatic Resources Research Group);
1.4.5 veeteede ohutuse uurimisrühm (inglise keeles Waterways Safety Management);
1.4.6 laevajuhtimise uurimisrühm (inglise keeles Nautical Sciences Research Group);
1.4.7 mereõiguse ja merenduspoliitika keskus (inglise keeles Centre for Maritime Law and Policy) (alates 01.01.2027).